Architekt, urodzony w 1943 roku w Dobczycach w rodzinie sędziego i nauczycielki. Od roku 1948 rodzina mieszkała w Krakowie. Żona Iwona Deńko również jest architektem, podobnie młodsza córka Małgorzata – partnerka biura.
Po dyplomie (1967 r.) pracował w Instytucie Urbanistyki i Planowania Przestrzennego Wydziału Architektury Politechniki Krakowskiej pod kierunkiem i we współpracy z prof. Witoldem Cęckiewiczem (do 2000 r.). Prowadził zajęcia z projektowania architektoniczno-urbanistycznego osiedli mieszkaniowych. Zespół, w którego skład wszedł wraz z Profesorem i kolegami, zdobył szereg nagród i wyróżnień w konkursach. Jednym z największych sukcesów była wygrana w konkursie (1973 r.) i realizacja siedziby Ambasady Polski w New Delhi (Indie), oddanej do użytku w roku 1977. Dużym osiągnięciem okazało się również wyróżnienie honorowe w konkursie UIA na centrum rządowe w Dar es Salaam (Tanzania) we współpracy z Krzysztofem Lenartowiczem, Zofią Brzykczyk-Lenartowicz i studentami WA PK.
W 1981 roku jako starszy wykładowca PK objął funkcję kierownika Akademickiej Pracowni Architektury (APA) w ramach spółdzielni „Żaczek” przy Politechnice Krakowskiej i wraz ze studentami zaczyna działalność quasi-samodzielnej pracowni architektonicznej, na długo przed zmianami ustrojowymi w Polsce.
Pracownia pod jego kierunkiem działa do 1990 roku. Młodzi entuzjaści, początkowo studenci, a później coraz dojrzalsi architekci, mają na koncie coraz więcej osiągnięć projektowych. Do ważniejszych należy zaliczyć projekt i realizację Centrum Kultury Żydowskiej na Kazimierzu w Krakowie oraz terminalu Portu Lotniczego Kraków-Balice. W tym samym czasie Stanisław Deńko brał udział (jako współautor, poza pracownią) w konkursie na rehabilitację miasta Milwaukee (stan Wisconsin, USA) – projekt otrzymał wyróżnienie honorowe. APA współpracowała z biurem architektoniczno-branżowym N.K. Kothari & Associates w New Delhi (partnerem podczas realizacji siedziby ambasady).
W roku 1990 Stanisław Deńko dostaje angaż w College of Architecture na University of Tennessee w Knoxville (USA), trzy lata pracuje jako dydaktyk. Do sukcesów należy zaliczyć Award of Merit za osiągnięcia w pracy dydaktycznej i pracę projektową. W konkursie studenckim na adaptację kompleksu wojskowego portu lotniczego na centrum lotnictwa cywilnego w Nashville zespół studentów pod kierunkiem Stanisława Deńko zdobywa I nagrodę ex aequo.
Po powrocie ze Stanów Stanisław Deńko zakłada w roku 1993 wraz z architektem amerykańskim Glennem Lewisem biuro architektoniczne „WIZJA” Sp. z o.o.
„WIZJA” Sp. Z o.o. w 1995 roku uczestniczy w opracowaniu Urzędu Miasta Krakowa, Przedstawicieli Senatu w Berlinie oraz Urzędu Planistycznego w Edynburgu projektu pod nazwą „Kazimierz Action Plan”, za który otrzymuje od European Towns and Town Planners Wyróżnienie (Award).
W roku 1995 wygrywa konkurs na stanowisko Architekta Miasta Krakowa. Piastuje tę funkcję do roku 1999. Do ważniejszych zadań należały: projekt Krakowskiego Centrum Komunikacyjnego (prowadzony formalnie i merytorycznie przez Stanisława Deńko jako koordynatora) oraz Uwarunkowania do Studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego Miasta Krakowa. W tym czasie Stanisław Deńko objął także funkcję Dyrektora Wydziału Architektury i Urbanistyki przy Urzędzie Miasta Krakowa, w skład którego wchodziły jednostki: Biuro Planowania Przestrzennego oraz Oddziały wydawania decyzji o WZiZT oraz pozwoleń na budowę.
Po zakończeniu pracy w Urzędzie Miasta Krakowa wraca do projektowania w swojej pracowni. Od 2000 roku koncentruje się na współpracy z młodymi architektami. Początkowo partneruje mu Robert Kuzianik. Do ważniejszych realizacji powstałych po 2000 roku należą: rozbudowa Terminalu Międzynarodowego Portu Lotniczego im. Jana Pawła II w Krakowie-Balicach (we współpracy z biurem architektonicznym APA – Czech, Duliński, Wróbel), supermarket AUCHAN w Sosnowcu, Auditorium Maximum Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie (projekt wyłoniony w inwestorskim konkursie architektonicznym). Stanisław Deńko współpracuje wówczas z prof. Wojciechem Leśnikowskim oraz biurami HNTB (USA) oraz HOK (Wielka Brytania), głównie przy opracowywaniu wizji rozwoju Portu Lotniczego Kraków-Balice; w przetargu na rozbudowę terminalu zdobywa II nagrodę. W ramach współpracy biura „WIZJA” Sp. z o.o. z innymi partnerami zagranicznymi powstaje (przy udziale autorskim Stanisława Deńko) zrealizowana adaptacja silosów zbożowych w Oslo na wielorodzinny budynek mieszkaniowy (z biurem Architekci Mikołajski & Wiese).
W biurze architektonicznym „WIZJA” Sp. z o.o. powstają m.in.: budynki mieszkalne (nagroda SARP za budynek przy ul. Fabrycznej w Krakowie, nagroda Budowniczych Domów za budynek mieszkalno-usługowy przy ul. Kazimierza Wielkiego w Krakowie, nagroda firmy Vasco za projekt domu mieszkalnego przy ul. Wodociągowej w Krakowie i szczególnie prestiżowa nagroda Marszałka Województwa Małopolskiego im. Stanisława Witkiewicza za budynek mieszkalny jednorodzinny w Burowie). W roku 2006 „WIZJA” Sp. z o.o nawiązuje współpracę z biurem nsMoonStudio i w ramach IQ Konsorcjum realizuje przy autorskim udziale Stanisława Deńko: zespół zabudowy mieszkaniowo-usługowej Angel City przy ul. Pawiej w Krakowie, budynek biurowy dla siedziby KPT w Czyżynach, budynek biurowy Alma Tower przy ulicy Pilotów i Centrum Archiwizacji Sztuki Tadeusza Kantora – Muzeum Cricoteka przy ul. Nadwiślańskiej w Krakowie (I Nagroda w konkursie międzynarodowym; nominacja do Nagrody im. Miesa van der Rohe).
Od 2004 roku Stanisław Deńko prowadzi zajęcia dydaktyczne na Wydziale Architektury i Sztuk Pięknych w Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego w Krakowie. Jest członkiem SARP, Rady MPOIA oraz Miejskiej, Wojewódzkiej i Głównej Komisji Urbanistyczno-Architektonicznej. Był wiceprezesem do spraw twórczości w Zarządzie Głównym SARP, przez dwie kadencje wiceprezesem SARP Oddział Kraków oraz – kilkakrotnie – przewodniczącym Sądu Konkursowego SARP Oddział Kraków.
W listopadzie 2016 roku zostaje laureatem Honorowej Nagrody SARP 2016 za wieloletnią wybitną twórczość w dziedzinie sztuki architektury oraz charyzmatyczną działalność na polu dydaktyki.